تأسس المجلس الطبي الفلسطيني منذ عام 1996 م بموجب موافقه رئاسية صدرت بتاريخ 24/02/1996 م ، وقد باشر المجلس اعماله وتم افتتاح مقر مؤقت له عام 1998. ومنذ العام 1999 بدأ المجلس بإجراء الامتحانات لأطباء الامتياز . وما بين 1999 إلى نهاية عام 2001 أنجز المجلس ولجانه العلمية المختلفة عملية واسعة لتنظيم أوضاع الاطباء الذين كانوا آنذاك يعملون في حقول الاختصاص المختلفة .
بدأ العمل في إعداد قانون للمجلس وأقره المجلس التشريعي بتاريخ 16/1/2006 ، وصادق عليه رئيس السلطة الفلسطينية بتاريخ 20/1/2006 وتم نشره بالعدد الممتاز للجريدة الرسمية ( الوقائع الفلسطينية) بتاريخ 16/2/2006. و قد اصدر مجلس الوزراء في جلسته بتاريخ 28/8/2012م اللائحة التنفيذية رقم (14) لعام 2012 لقانون المجلس الطبي الفلسطيني رقم (1) لسنة 2006 و تم نشرها في الجريدة الرسمية في العدد مئة بتاريخ 4/6/2013 م.
وبمقتضى ذلك أصبح المجلس الطبي هيئة علمية مستقلة ويتمتع بالشخصية الاعتبارية وله ذمة مالية مستقلة وله أنظمة مالية وإدارية.
